Сразу после рождения кишечник свиньи быстро развивается морфологически, функционально и иммунологически. Тощая кишка, вторая часть тонкой кишки, имеет важное значение для усвоения питательных веществ и иммунного надзора. Чтобы изучить раннее постнатальное развитие тощей кишки, был проведен мета-анализ различных транскриптомных наборов данных. Эти наборы данных были получены в результате различных экспериментальных внутренних исследований или описанных в литературе экспериментов со слизистой оболочкой тощей кишки свиньи. Экспрессию генов измеряли при различных экспериментальных вмешательствах, таких как вмешательство в питание, в различные моменты времени (возраст).
Исследования, включенные в мета-анализ, предоставили данные об экспрессии генов для различных временных точек (возраст поросят) для поросят, получавших лечение, по сравнению с контрольными поросятами. В отдельных исследованиях свиноматке вводили лечение (например, амоксициллин) или пищевую добавку непосредственно поросятам со среднецепочечными жирными кислотами (MCFAs) и пероральное введение фруктоолигосахаридов (FOS) или высокой дозы оксида цинка, соответственно. В метаанализе гены были сгруппированы в 16 кластеров в соответствии с их временными профилями экспрессии генов у контрольных поросят, то есть изменениями уровня экспрессии генов с течением времени. Функциональный анализ показал, что у этих кластеров временного профиля были разные доминирующие процессы, такие как процессы, связанные с иммунитетом, или барьерная функция. Данные транскриптомики обработанных поросят впоследствии накладывались на контрольные временные профили. Таким образом, мы могли бы исследовать, какие кластеры временных профилей (и какие биологические процессы) были модулированы обработками. Интересно, что не все 16 временных профилей были модулированы.
Мы показали, что можно повторно использовать (общедоступные) данные транскриптомики и создавать временные профили экспрессии генов для контрольных поросят со сверхэкспрессией генов, представляющих специфические биологические процессы. Впоследствии, путем наложения данных об экспрессии генов из исследований (диетических) вмешательств, мы наблюдали отклонения от некоторых из этих эталонных профилей и, следовательно, пластичность системы. Используя этот подход к метаанализу, мы подчеркнули важность рождения и отлучения от груди, а также лежащих в их основе биологических процессов.
Авторы исследования: Dirkjan Schokker, Ina Hulsegge, Henri Woelders, Johanna M J Rebel
Отзывы пациентов на amoxicillin