Гепатоцеллюлярная карцинома (ГЦК) и холангиокарцинома (ОСО) являются членами гепатобилиарной болезни.
Оба типа рака часто имеют высокий уровень сходства с точки зрения фенотипических характеристик, что приводит к трудностям в дифференциальной диагностике ГЦК и ОСО.
В этом исследовании был проведен транскриптомный мета-анализ данных микрочипов HCC и CCA для выявления дифференциальных сетей транскриптомов и потенциальных биомаркеров для HCC и CCA. Были методологически собраны и проанализированы исходные данные из девяти наборов данных для профилирования экспрессии генов, состоящих в общей сложности из 1185 образцов.
Для оценки дифференциально экспрессируемых (DE) генов при ГЦК и ОСО уровни экспрессии генов сравнивались между раком и его нормальными аналогами (т.е. ГЦК против нормальная печень и ОСО по сравнению с нормальным желчным протоком) с использованием t-теста (P <, 0,05) и k-кратной валидации.
В общей сложности 226 генов DE были специфичны для ГЦК, 249 генов DE были специфичны для ОСО и 41 ген DE как для ГЦК, так и для ОСО. Анализ генной онтологии и обогащения путей выявил различные закономерности между функциональными транскриптомными сетями HCC и CCA. Клеточный цикл и пути гликолиза/глюконеогенеза были нарушены исключительно при ГЦК, тогда как каскады комплемента и свертывания, а также метаболизм глицина, серина и треонина были преимущественно дифференцированно экспрессированы при ОСО. Наш мета-анализ выявил отчетливую дисрегуляцию в сетях транскриптома между HCC и CCA. Определенные гены в этих сетях обсуждались в контексте перехода ГЦК и ОСО, уникальных характеристик ГЦК и ОСО и их потенциала в качестве дифференциальных биомаркеров ГЦК и ОСО.
Авторы исследования: Somsak Likhitrattanapisal, Jaitip Tipanee, Tavan Janvilisri