Существуют методы метаанализа для объединения нескольких наборов данных микрочипов.
Однако существует широкий спектр проблем, связанных с метаанализом микрочипов, и ограниченная возможность сравнения производительности различных методов метаанализа.
Используя технологию микрочипов кДНК (Partek Genomics Suite 6.6) и глобальный анализ путей с помощью Ingenuity Pathway Analysis tool (IPA, Inc), мы исследовали уровень транскриптов у пациентов с сахарным диабетом 2 типа (СД2) и болезнью Альцгеймера (AD) и контрольной группы.
Чтобы понять молекулярную связь между СД2 и БА, мы сравнили паттерн экспрессии генов и вовлеченный путь.
Анализ микрочипов выявил 235 дифференциально экспрессируемых генов между пациентами с СД2 и контрольной группой и 834 между БА и контрольной группой с двукратным изменением и частотой ложного обнаружения 0,05. Значительно изменена экспрессия белка дифференцировки клеток миелоидного лейкоза 1, белка, высвобождающего гуанил RAS 1, кальцийсвязывающего белка A8 S100, простагландин-эндопероксидсинтазы 2, парвальбумина, аминопептидазы эндоплазматического ретикулума 1, фосфоглицераткиназы 1, субъединицы F фактора инициации трансляции 3 эукариот, интерлейкина-1 бета, тубулина бета 2А, гены рецептора альфа-1 глицина и рибосомного белка S24 были высоко связаны с СД2, тогда как гены дифференцировки нейронов 6, рецептора 83, связанного с G-белком, фосфосеринфосфатазы, гомолога бобби сокс или HMG box-содержащего белка 2, глутатион S-трансферазы тета 1, альфа-2-гликопротеина 1, связывающего цинк, Было обнаружено, что белок 1B теплового шока 70 кДа, транспортин 1, кислый, богатый лейцином ядерный фосфопротеин 32, член семейства B, ядерный фактор активированных Т-клеток 5, инозитол 1,4,5-трисфосфат 3-киназа B, пренилцистеиноксидаза 1, подобная’, тесно связаны с БА. Мы также обнаружили набор дифференциально экспрессируемых генов, ‘ARP2, связанный с актином белок 2, белок контроля клеточного деления 42, цитоплазматический белок, связывающий элементы полиаденилирования 4, белок реакции раннего роста 1, эктонуклеотидпирофосфатаза/фосфодиэстераза 5, рецептор фолата 1, глутамат-аммиачная лигаза, гидрокси-3-метилглутарил-кофермент А редуктаза, 3-гидрокси-3-метилглутарил-КоА-синтаза, рецептор, подобный интерлейкину 1, рецептор фактора ингибирования лейкемии, транскрипт 1 аденокарциномы легкого, ассоциированный с метастазированием, киназа пируватдегидрогеназы, изоцим 4, фосфосерин фосфатаза, парвальбумин и тубулин, бета 2А’, которые присутствуют в обеих датазах.
Измененная регуляция внутриклеточных сигнальных путей, включая рецептор Эфрина, рецептор печени X/ рецептор ретиноида X, интерлейкин 6, инсулиноподобный фактор роста 1, интерлейкин 10 и 14-3-3-опосредованные сигнальные пути, были связаны с СД2, а также с патологией типа Альцгеймера.
Наши результаты указывают на участие диабетических расстройств в патогенезе БА и обеспечивают основу для будущих исследований кандидатов, основанных на конкретных путях.
Авторы исследования: Zeenat Mirza, Mohammad A Kamal, Adel M Buzenadah, Mohammed H Al-Qahtani, Sajjad Karim