Макрофаги представляют собой гетерогенные лейкоциты, регулируемые в тканевом и специфическом для заболевания контексте.
В то время как модели макрофагов in vitro использовались для эмпирического изучения заболеваний, систематический анализ их транскриптома отсутствует.
Здесь мы получили ген данные об экспрессии из восьми обычно используемых моделей макрофагов in vitro для проведения мета-анализа.
В частности, мы получили данные об экспрессии генов из нестимулированных макрофагов (M0) и макрофагов, стимулированных липополисахаридами (LPS) в течение 2-4 ч (M-LPS), LPS в течение 24 ч (M-LPSlate), LPS и интерферон-γ (M-LPS+IFNy), IFNy (M-IFNy), интерлейкин-4 (M-IL4), интерлейкин-10 (M-IL10) и дексаметазон (M-dex). Наш мета-анализ выявил последовательно дифференциально экспрессируемые гены, которые были вовлечены в воспалительные и метаболические процессы.
Кроме того, мы создали macIDR, надежный классификатор, способный различать состояния активации макрофагов с высокой точностью (>0,95). Мы классифицировали макрофаги in vivo с помощью macIDR, чтобы определить их специфические для ткани и заболевания характеристики.
Мы демонстрируем, что альвеолярные макрофаги демонстрируют высокое сходство с активацией IL10, но демонстрируют снижение сигнатуры IFNy у пациентов с хронической обструктивной болезнью легких.
Жировая тканьПолученные макрофаги были классифицированы как нестимулированные макрофаги, но приобрели особенности активации LPS у пациентов с диабетом и ожирением.
Синовиальные макрофаги ревматоидного артрита проявляют характеристики IL10- или IFNy-стимуляции.
В целом, мы определили согласованные профили транскрипции для восьми в состояния активации макрофагов in vitro, построил классификационную модель и продемонстрировал полезность последней для макрофагов in vivo.
Авторы исследования: Hung-Jen Chen, Andrew Y F Li Yim, Guillermo R Griffith, Wouter J de Jonge, Marcel M A M Mannens, Enrico Ferrero, Peter Henneman, Menno P J de Winther
Отзывы пациентов на dexamethasone